Desde então, durante 10 anos, Domingo não abandonou seu amado benfeitor senão que o acompanhou em todos os lugares, em meio aos perigos por causa da fúria da perseguição dos cristãos. Ele se encontrava em sua casa, ao lado de sua mãe, viúva convertida por Antônio, quando a 21 de janeiro de 1627 soube que o missionário tinha sido preso. Alegre com a notícia no dia seguinte, em suas melhores roupas, como se fosse para uma festa, correu direto para os juízes pedindo também para ser preso como irmão e servo do missionário. Efetivamente, pôde assim voltar a abraçá-lo na prisão de Omura. Com ele havia trabalhado no campo do Senhor, com ele queria entrar para o triunfo eterno.

Durante a prisão, Domingo fez ao Padre Antônio um insistente pedido. Por muitos anos ele queria tomar o hábito de São Francisco, mas nunca tinha sido possível. Agora, pois, humildemente pediu  para fazer parte da Primeira Ordem. Na prisão escura foi realizado o rito de vestição religiosa e foi admitido entre os irmãos religiosos sob o nome de Frei Domingo de São Francisco.

Frei Antônio o aceitou de bom grado, fez na prisão um ano de noviciado e profissão dos votos de pobreza, obediência e castidade. Esta breve vida franciscana concluiria em Nagasaki no dia 8 de setembro de 1628, quando o mestre e o discípulo foram juntos para Monte Santo dos Mártires, onde foram amarrados ao poste sob uma fogueira. Morreram cantando louvores ao Senhor.