Muito jovem ainda foi recebido no seminário dos franciscanos no Japão. Certo dia, o governador de Omura mandou prender os frades do seminário. Francisco não estava em casa. Quando voltou, ao saber do ocorrido, foi até o imperador e professou sua fé. Também foi preso.

No cárcere, juntamente com o Frei Apolinário Franco, provincial e formador, suplicou que fosse admitido à Ordem dos Frades Menores. Seu desejo foi realizado. Dentro mesmo do cárcere, recebeu o hábito e mudou seu nome.

Começou assim, para ele, o mais singular e estranho ano de noviciado, cheio de fervor e sacrifícios. A masmorra transformara-se em comunidade religiosa com horários apropriados de oração em comum e recitação do ofício e do rosário. No fim do ano de noviciado, Francisco professou a regra como frade menor.

Começava-se a preparar para o sacerdócio, porém seu martírio chegou primeiro, a 12 de setembro de 1622. Queimado vivo, tornou-se oferta antes de ser sacerdote.