Nasceu no Japão em data ignorada. Filho de pai cristão e de mãe pagã. Foi batizado ainda criança, mas, por influência de sua mãe foi obrigado a frequentar cultos budistas. Esta dualidade seguiu toda a sua fase de crescimento e educação. Por essa razão levou, por vinte e seis anos, uma vida dissoluta, sem rumo e de descaminhos.

Com a chegada dos religiosos vindos das Filipinas, Boaventura é apresentado novamente ao cristianismo e os franciscanos revelam os seus pecados. Este, arrependido, atira-se ao chão e pede perdão a Deus e aos irmãos que o fizeram ver a verdade.

No primeiro domingo após o retorno à fé cristã, Boaventura vai à Missa vestindo um saco, com a cabeça coberta com cinza e uma corda no pescoço para pedir perdão por tantos anos afastado da fé. Todos que frequentavam a Igreja de Santa Maria dos Anjos ficaram admirados e ao mesmo tempo compadecidos pela grandeza do ato daquele cristão.

Como prova de seu arrependimento pediu para ser admitido e vestir o hábito da Terceira Ordem Franciscana. Como sinal de sua conversão, quis se chamar Boaventura. Assim como o Doutor São Boaventura foi para a Ordem Seráfica e para a Igreja uma “boa ventura”, assim o novo Boaventura devia ser para nascente Igreja e para todo o Japão.

Daquele momento em diante não mais se separou das missões e dos religiosos franciscanos. Foi um grande catequista.

Foi preso e teve a sua orelha esquerda cortada e, em seguida colocado em cortejo até a chegada a Nagasaki, local onde foi crucificado, no dia 05 de fevereiro de 1597.